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國家基因組科學數據中心公開新型冠狀病毒全基因組序列
來源:互聯網   發布日期:2020-01-28 08:01   瀏覽:6367次  值班編輯QQ:點擊這里給我發消息

澎湃新聞記者 賀梨萍

國家基因組科學數據中心(NGDC)信息顯示,1月26日,該中心收錄了由中國醫學科學院/北京協和醫學院病原生物學研究所提供的5株2019新型冠狀病毒全基因組序列。

這是自2019年12月該病爆發以來,國內公共數據平臺首次公開發布數據。此前科學家陸續獲得的2019新型冠狀病毒基因組序列一般遞交到全球流感序列數據庫(GISAID)和美國國家生物技術信息中心(NCBI)的GenBank數據庫。

此前的1月22日,國家基因組科學數據中心正式發布2019新型冠狀病毒信息庫。該庫整合了世界衛生組織(WHO)、中國疾病預防控制中心(CDC)、美國國家生物技術信息中心、全球流感序列數據庫等機構公開發布的冠狀病毒基因組序列數據、元信息、學術文獻、新聞動態、科普文章。同時,對不同冠狀病毒株的基因組序列做了變異分析與展示。

2019新型冠狀病毒信息庫基于不同參考基因組序列開展2019-nCoV病毒株基因組變異分析,并對結果進行了統計與可視化展示。通過對全基因組序列相似性比較和變異位點分析,獲取2019-nCoV病毒株之間、2019-nCoV病毒株與SARS冠狀病毒以及與類SARS冠狀病毒蝙蝠株之間的變異程度、變異區域、變異堿基的詳細信息。

對2019-nCoV病毒株的基因組變異分析為追溯病毒來源、追蹤病毒株變異路徑、防控新型冠狀病毒引發的疫情、治療病毒性肺炎提供重要的數據基礎與決策支持。

上述資源庫發布之際,中科院北京基因組所研究員、國家基因組科學數據中心主任鮑一明在接受《中國科學報》采訪時曾表示,“我們這個數據庫發布以后,就有單位聯系要將武漢新型冠狀病毒基因組的數據送到這兒來,而不是先到國外然后國內研究人員再去拿回來‘出口轉內銷’了。”

國家基因組科學數據中心介紹,冠狀病毒屬于套式病毒目、冠狀病毒科、冠狀病毒屬,是一類具有囊膜、基因組為線性單股正鏈的RNA病毒,是自然界廣泛存在的一大類病毒。某些冠狀病毒會感染人類并引起疾病,比如中東呼吸綜合征(MERS)和嚴重急性呼吸綜合征(SARS),其癥狀可從普通感冒到重癥肺部感染。

此次在武漢首先發現的冠狀病毒是一種先前尚未在人類中發現的病毒株系,被WHO命名為2019新型冠狀病毒(2019-nCoV)。NCBI的病毒分類工具PASC將2019-nCov分類為嚴重急性呼吸綜合征相關冠狀病毒種(Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus),該種還包含2003年爆發的SARS病毒,兩者基因組序列相似度為80%。

此次發布的5株2019新型冠狀病毒基因組序列的序列號為GWHABKF00000000、GWHABKG00000000、GWHABKH00000000、GWHABKI00000000、GWHABKJ00000000,相關項目編號為PRJCA002165。

以上序列可在國家生物信息中心/國家基因組科學數據中心的項目庫或者冠狀病毒序列庫檢索并下載,無需注冊或向數據遞交者申請。

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